Este principio apunta cuál he de ser el criterio en los presuntos de duda, sin que ello implique duda donde el Juez o bien Tribunal no las tenga. Este principio asimismo tiene aplicación en los presuntos de enjuiciamiento por el Tribunal del Jurado a juzgar por el art. quinientos 43 de la Ley Orgánica 5/1995 de veintidos de Mayo del Tribunal del Jurado. Cuando estas dudas no se pudiesen solucionar se va a deber decidir en el sentido más recomendable para el acusado. La sentencia del Tribunal Supremo 78/2007 de 9 de Febrero nos asevera que cuando entre diferentes indicios exista divergencia entre ellos, la prueba indiciaria pierde su eficacia y se debe aplicar el principio «in dubio pro preso».

Con lo que se refiere al Recurso de Casación ha sido tradicional la jurisprudencia relativa a ocasión o no de tener acceso a la vía de Casación en la medida en que no implica la violación de ningún precepto constitucional (sentencia de treinta de abril de mil novecientos 99 del Tribunal Supremo), sin embargo el único supuesto en que se podría comprender infringido el principio «in dubio pro preso» y dar sitio al recurso de casación sería cuando el Tribunal pese a sus dudas sobre la prueba de la autoria o sobre la concurrencia del tipo, optara por la solución más perjudicial para el acusado, dictando sentencia condenatoria. En un caso de esta forma se podría acceder al recurso de Casación al amparo del art. ochocientos cuarenta y 9 con uno de la LEC (Sentencia Tribunal Supremo de 15 de Enero de dos mil cuatro, entre otras).

No obstante y a pesar de todo lo antedicho, hay muchas veces que se confunde el principio «in dubio pro preso» con el principio de presunción de inocencia. El principio de presunción de inocencia se específica en el campo de la carga probativa y también implica que para condenar a un acusado se precisa una mínima actividad probatoria de cargo o incriminatorias, no obstante el principio in dubio pro preso debe ser incardinado en la valoración de la prueba con lo que tiene un carácter principalmente procesal. La Jurisprudencia apunta que la presunción de inocencia supone el derecho constitucional imperativo, no obstante el in dubio pro preso es un criterio interpretativo.